Cây ớt (Capsicum sp.) thuộc họ cà (Solanaceae) là loại rau gia vị được trồng phổ biến ở vùng Đồng bằng sông Cửu Long, là cây rau ăn trái có giá trị cao ở thị trường trong nước và xuất khẩu (Mai Thị Phương Anh và ctv., 1996). Bên cạnh nguồn dinh dưỡng dồi dào như vitamin A, C, B1, B2…, trái ớt còn chứa các hợp chất chống oxy hóa như Capsaicine (C18H27NO3), là một chất có vị cay giúp tạo cảm giác ngon miệng khi ăn và kích thích quá trình tiêu hóa. Cũng như nhiều loại cây trồng khác, chất lượng và sản lượng ớt bị đe dọa nghiêm trọng bởi các loại bệnh hại, trong đó có bệnh chết gục cây con do nấm Rhizoctonia solani gây ra là bệnh gây hại quan trọng do mầm bệnh có thể xâm nhiễm và gây hại trong suốt quá trình sinh trưởng của cây. Tuy nhiên, việc sử dụng thuốc hóa học liên tục trong thời gian dài để phòng trừ bệnh hại sẽ làm mầm bệnh dễ hình thành tính kháng, dễ phát sinh loài mới, gây ô nhiễm môi trường, mất cân bằng hệ sinh thái nông nghiệp, đồng thời còn gây ra hiện tượng lưu tồn các hóa chất độc hại trong nông sản gây ảnh hưởng đến sức khỏe người tiêu dùng. Biện pháp phòng trừ sinh học dựa trên sự vận dụng các tương tác của vi sinh vật với nhau, để phát huy vai trò của vi sinh vật có lợi có khả năng kiểm soát các tác nhân gây bệnh thông qua các cơ chế như tiết kháng sinh hay gián tiếp kích thích tính kháng bệnh cây trồng để ức chế sự phát triển của mầm bệnh, đây là hướng phát triển bền vững trong sản xuất nông nghiệp trong tương lai do những ưu điểm của chúng như thân thiện và an toàn với môi trường. Bên cạnh đó, trong các nghiên cứu trước đây, cho thấy trong thời gian lên men hạt gạo, một số loài vi khuẩn có khả năng tiết ra các hợp chất ức chế vi sinh vật gây hại như bacteriocin, bacilyxin, chlotetaine, iturin A, mycobacillin, bacillomycin,...

Do đó, nghiên cứu này được thực hiện nhằm mục tiêu phân lập và tuyển chọn một số dòng vi khuẩn từ một số hạt ngũ cốc lên men như hạt gạo, bắp, đậu nành và mè có khả năng đối kháng với nấm R. solani gây bệnh chết gục cây con trên cây ớt nhằm đa dạng tác nhân phòng trừ sinh học trong việc quản lý bệnh cây trồng, giúp giảm thiểu ô nhiễm môi trường do hóa chất bảo vệ thực vật gây ra. Thí nghiệm khảo sát khả năng đối kháng được thực hiện trên môi trường PDA với 4 phương pháp bố trí gồm: (1) vi khuẩn đối kháng và nấm bệnh được đặt vào đĩa Petri cùng lúc; (2) sử dụng dịch ngoại bào của vi khuẩn; (3) nấm được đặt trước vi khuẩn 24 giờ và (4) vi khuẩn được đặt trước nấm 24 giờ. Tổng cộng 33 dòng vi khuẩn được phân lập từ 4 loại hạt ngũ cốc với 11, 14, 4 và 4 dòng lần lượt từ gạo, bắp, đậu nành và mè, trong đó 3 dòng vi khuẩn M2, M3 và G5 có hiệu suất đối kháng tốt với khuẩn ty nấm R. solani. Ngoài ra, dòng G5 thể hiện hiệu suất đối kháng với nấm R. solani tốt nhất khi vi khuẩn được đặt trước nấm 24 giờ. Kết quả giải trình tự đoạn gen 16S-rRNA (với cặp mồi 27F-1492R) của dòng G5 cho thấy thuộc loài Bacillus velezensis G5. Tóm lại, có thể thấy rằng hạt gạo lên men có chứa nguồn vi khuẩn Bacillus spp. có khả năng ức chế tốt nấm R. solani gây bệnh chết gục cây con trên ớt.