Khả năng kháng kháng sinh của các tác nhân gây bệnh đã thúc đẩy phát triển nhiều công trình nghiên cứu các giải pháp thay thế kháng sinh trong trị bệnh do vi khuẩn gây ra. Các chủng Bacillus được xem là đối tượng hàng đầu và được nhiều nhà nghiên cứu khoa học quan tâm nhằm ứng dụng và sản xuất probiotic với một số đặc tính như sản sinh một số enzyme ngoại bào, tạo bào tử bền với nhiệt thuận lợi trong quá trình sản xuất, bảo quản và sử dụng. Lên men chìm được xem là phương pháp hữu hiệu và được ứng dụng rộng rãi trong công nghiệp sản xuất probiotic nhờ khả năng kiểm soát các thông số được dễ dàng. Bacillus subtilis là vi khuẩn Gram dương, khả năng tạo bào tử chúng được xem như là những nghiên cứu quan trọng trong lĩnh vực công nghiệp . Thể bào tử của B. subtilis được kích thích mạnh khi mật độ tế bào vi khuẩn cao, sự thiếu hụt về dinh dưỡng, thành phần muối khoáng cao, pH môi trường nuôi cấy trung tính và nhiệt độ môi trường nuôi phù hợp với từng loài vi khuẩn. Bào tử Bacillus sp. được hình thành sau pha tăng trưởng của tế bào sinh dưỡng. Trong điều kiện lý tưởng, hiệu quả chuyển thành bào tử của vi khuẩn Bacillus sp. mật độ 108 tế bào ml-1 trong khoảng 30-100%. Ngoài ra, muối được đưa vào môi trường lên men cũng tăng khả năng tạo bào tử của nhóm Bacillus, nhưng với nồng độ ion kim loại nặng cao có thể ảnh hưởng đáng kể đến quá trình tạo bào tử. Sáu ion kim loại, Mn2+, Fe3+, Fe2+, Ca2+, Mg2+ và Zn2+ được xem là những yếu tố quan trọng kích thích bào tử. Đến nay, có nhiều công trình nghiên cứu được báo cáo giá trị tối đa tạo bào tử của B. subtilis trong lên men chìm dao động 109 bào tử ml-1 đến 7,4 x109 bào tử ml-1. Sự điều chỉnh các chỉ số tạo bào tử trong quá trình lên men thường được giám sát chặt chẽ nhằm kích thích tạo bào tử tốt nhất.

Chủng vi khuẩn Bacillus S5 là được phân lập từ bùn ao nuôi tôm quảng canh có khả năng ức chế vi khuẩn V. parahaemolyticus gây bệnh hoại tử gan tụy cấp tính (AHPND - acute hepatapancreatic necrosis disease) trong điều kiện thí nghiệm. Nghiên cứu này nhằm lựa chọn các điều kiện và môi trường lên men phù hợp cho sự sinh trưởng và tạo bào tử của chủng Bacillus S5 để ứng dụng trong sản xuất probiotic cho nuôi trồng thủy sản. Mật độ tế bào OD550nm trong dịch nuôi cấy là thông số được sử dụng để đánh giá ảnh hưởng của các điều kiện lên men. Tối ưu các điều kiện lên men được sử dụng bằng phương pháp đáp ứng bề mặt (RSM). Môi trường tối ưu để sản xuất sinh khối Bacillus S5 sau 48 giờ lên men đạt giá trị OD550nm 11,36 tương ứng 4,3x109 CFU/mL là: bột đậu nành 34,9 g/L, cao nấm men 20 g/L, glucose 35 g/L và tốc độ lắc 170 vòng/phút. Ngoài ra, 0,5 g/L ion Ca2+ được bổ sung sau 30 giờ lên men có thể kích thích trên 90% tế bào dinh dưỡng Bacillus S5 chuyển thành bào tử.