Một trong những tác động chính do khai thác nước dưới đất (NDĐ) gây ra là di chuyển vật chất trong tầng chứa nước. Quá trình khai thác nước đã làm tăng trị số hạ thấp mực nước và tốc độ vận động của NDĐ. Bộ phần mềm Visual Modflow bao gồm ba phần mềm chính và nhiều mô-đun phụ trợ. Phần mềm Modflow dùng để tính toán trữ lượng, chất lượng và phân bổ dòng chảy ngầm. Phần mềm ModPath có chức năng tính hướng và tốc độ các đường dòng khi nó vận động thường xuyên qua hệ thống các lớp chứa nước. Phần mềm MT3D phối hợp với Modflow có chức năng tính toán quá trình khuếch tán và vận chuyển cùng các phản ứng hóa học khác nhau của các vật chất hòa tan trong hệ thống dòng chảy ngầm.  Điều này dẫn đến sự di chuyển nước từ nơi có độ tổng khoáng hoá cao từ vùng ranh giới nước mặn và nước nhạt, các nguồn nước mặn, v.v…đến công trình khai thác nước. Trong nghiên cứu này đã ứng dụng mô hình MODFLOW để dự báo sự di chuyển ranh giới nước mặn và nước nhạt của cả hai tầng chứa nướcn Pleistocen (qp) và Neogen (m) do khai thác NDĐ đến công trình khai thác nước dải ven biển tỉnh Quảng Trị bằng phương pháp mô hình 3 chiều MT3D của Công ty Waterloo Hydrogeologic Hoa Kỳ đi kèm với bộ phần mềm Visual ModFlow.