Thông báo của Cơ quan thể hiện ý kiến chính thức của thẩm định viên về đơn đăng ký sáng chế đã được nộp. Thông báo của Cơ quan có thể giải quyết hầu hết các vấn đề liên quan đến đơn, từ tên gọi đến độ dài của bản tóm tắt sáng chế. Nội dung quan trọng nhất thông báo sẽ đề cập đến các vấn đề cơ bản liên quan đến khả năng bảo hộ sáng chế có trong đơn. Đại diện sáng chế phải thông báo ngay cho khách hàng khi nhận được thông báo của Cơ quan và giải thích ý kiến của Cơ quan sáng chế cho khách hàng của mình, nếu cần. Thẩm định viên có thể đặt câu hỏi liệu bản mô tả đã bộc lộ sáng chế đầy đủ đến mức người có trình độ trung bình trong lĩnh vực kỹ thuật hiểu được và thực hiện được sáng chế hay chưa – từ chối cấp bằng độc quyền do sáng chế không có “khả năng áp dụng”. Thẩm định viên cũng có thể đặt câu hỏi liệu bản mô tả sáng chế có bộc lộ đầy đủ dấu hiệu kỹ thuật nêu trong yêu cầu bảo hộ hay không. Đại diện sáng chế có thể phản đối sự từ chối bằng cách chỉ ra những điểm trong bản mô tả sáng chế đã thực sự bộc lộ các dấu hiệu kỹ thuật bị, lập luận rằng các dấu hiệu đó đã có trong giải pháp kỹ thuật đã biết và bản mô tả không cần phải bộc lộ thông tin đó để chứng minh khả năng áp dụng và/hoặc sửa yêu cầu bảo hộ có trong đơn nên họ không trích dẫn đối tượng này. Thẩm định viên luôn xem xét giải pháp kỹ thuật đã biết và thường sẽ tìm ra giải pháp kỹ thuật đã biết theo yêu cầu bảo hộ. (Điều này có nghĩa là giải pháp kỹ thuật đã biết nằm trong phạm vi yêu cầu bảo hộ của đơn này). Nếu thẩm định viên tìm thấy một tài liệu về giải pháp kỹ thuật đã biết mà liên quan đến một hoặc một số số yêu cầu bảo hộ thì thẩm định viên sẽ từ chối điểm yêu cầu bảo hộ đó vì “đã có trước” trong các giải pháp kỹ thuật này. Nếu thẩm định viên tìm thấy sự kết hợp của các tài liệu đối chứng về giải pháp kỹ thuật đã biết bộc lộ sáng chế được yêu cầu bảo hộ và người có trình độ trung bình trong lĩnh vực kỹ thuật có thể thực hiện được sự kết hợp về mặt kỹ thuật trong các tài liệu tham khảo đó thì thẩm định viên sẽ từ chối bảo hộ sáng chế vì nó đã “hiển nhiên” trong các giải pháp kỹ thuật đã biết. Trong một số hệ thống pháp luật, “tính hiển nhiên” còn được coi là “không có trình độ sáng tạo”. Đại diện sáng chế có thể bác bỏ việc từ chối đó bằng cách thực hiện một hoặc một số việc sau:

- Lập luận rằng thẩm định viên đã hiểu lầm (các) tài liệu tham khảo được trích dẫn;

- Lập luận rằng thẩm định viên đã hiểu lầm sáng chế của người nộp đơn và/hoặc yêu cầu bảo hộ;

- Lập luận rằng các tài liệu tham khảo được trích dẫn bởi các thẩm định viên có thể là sự kết hợp bất hợp lý (hợp pháp), và/hoặc

- Sửa đổi yêu cầu bảo hộ để đề cập đến một sáng chế chưa được bộc lộ trong các tài liệu tham khảo được trích dẫn

Ý kiến phản hồi của đại diện sáng chế đối với thông báo của Cơ quan còn được gọi là “ văn bản phản hồi”. Trong văn bản phản hồi, đại diện sáng chế phải trả lời (phản hồi) đầy đủ tất cả ý kiến của thẩm định viên có trong thông báo của Cơ quan. Nếu đại diện sáng chế không giải trình tất cả các điểm từ chối của thẩm định viên, văn bản phản hồi của đại diện sáng chế sẽ có thể bị coi là “không đáp ứng” và sẽ không được thẩm định viên xem xét. Đại diện sáng chế phải luôn cố gắng để chuẩn bị văn bản bản phản hồi hoàn thiện đối với thông báo của Cơ quan vì một văn bản phản hồi không đáp ứng thông báo của Cơ quan có thể ảnh hưởng nghiêm trọng đến quyền lợi của khách hàng. Hầu hết các Cơ quan sáng chế trên thế giới đều quy định thời hạn trả lời thông báo của Cơ quan. Ở một số nước, người nộp đơn có X tháng để trả lời thông báo của Cơ quan mà không phải nộp phí và Y tháng trả lời thông báo của Cơ quan nhưng phải nộp một khoản phí gia hạn. Ví dụ, trong thông báo của Cơ quan ở Mỹ, X sẽ là ba tháng và Y cũng là ba tháng. Ở các nước khác, người nộp đơn chỉ được phép gia hạn một lần duy nhất trong toàn bộ thời gian thẩm định đơn. Thông thường, các Cơ quan sáng chế trên thế giới có thể kết hợp các thời hạn để trả lời thông báo của Cơ quan, vì thế đại diện sáng chế cần hiểu được các quy định của nước mà khách hàng đã nộp đơn đăng ký sáng chế. Đại diện sáng chế cũng nên tìm hiểu xem “ngày gửi thông báo” hoặc “ngày ký thông báo” của Cơ quan là được coi là ngày thông báo chính thức của Cơ quan. Điều này có thể là khác nhau giữa các nước. Đại diện sáng chế có thể phải trình dự thảo văn bản phản hồi về thông báo của Cơ quan và giải thích thông báo của Cơ quan cho khách hàng của mình. Khách hàng có thể rất rất am hiểu về lĩnh vực kỹ thuật của sáng chế và có thể phân biệt giữa giải pháp kỹ thuật được thẩm định viên trích dẫn và sáng chế được mô tả trong đơn và/hoặc yêu cầu bảo hộ có trong đơn. Ngoài ra, sự lựa chọn thường sẽ là sửa yêu cầu bảo hộ - việc sửa này thường thu hẹp phạm vi của yêu cầu bảo hộ - và đại diện sáng chế nên để khách hàng của mình thực hiện sự lựa chọn đó. Khách hàng có thể hiểu rõ hơn đại diện sáng chế về việc cần phải thu hẹp yêu cầu bảo hộ nào mà vẫn cho phép yêu cầu bảo hộ giữ được ý nghĩa thương mại.