Hình thái hạt là một trong những yếu tố ảnh hưởng đến việc sản xuất lúa gạo. Hình thái hạt còn đóng vai trò quan trọng trong việc xác định chất lượng (hàm lượng sắt và protein) và năng suất hạt lúa. Vì vậy, nghiên cứu này tiến hành nhằm đánh giá sự phân ly tính trạng hình thái hạt và những thay đổi về phân tử dựa trên các chỉ thị SSR của quần thể F3  gồm 150 cá thể cặp lai giữa CR2 và Bắc thơm  số 7 làm cơ sở cho lập bản đồ QTL.

Nghiên cứu đã sử dụng 102 cặp mồi SSR để đánh giá đa hình giữa bố mẹ, kết quả cho thấy tỉ lệ đa hình giữa bố mẹ là khá cao đạt 26% (28 cặp mồi trên 102 cặp mồi). Đánh giá đa hình trên quần thể với 22 cặp mồi đã cho đa hình ở bố mẹ cũng cho thấy trong quần thể F3 sự biến động về mặt phân tử ở các locus chỉ thị SSR là rất cao. Đối với tính trạng chiều dài hạt, các dòng có xu hướng giữ nguyên hình dạng như giống làm mẹ (CR203), trong khi tính trạng chiều rộng hạt có sự phân bố đồng đều hơn và tỷ lệ dài hạt/rộng hạt có xu hướng nằm ở trung gian giẵ hai giống bố và mẹ. Bước đầu xác định được chỉ thị RM229 liên quan đến tỷ lệ dài hạt/rộng hạt.