Vi sinh vật được xem là nhân tố chính của quá trình tự làm sạch nước tự nhiên; chúng phân hủy và sử dụng các chất hữu cơ hòa tan để xây dựng tế bào cho cơ thể và biến thành các chất vô cơ trong nước [1]. Trong nước có nhiều loại vi sinh vật như: Vi khuẩn, nấm mốc, nấm men, xạ khuẩn, vi rút (siêu vi khuẩn). Trong những loại này, vi khuẩn đóng vai trò quan trọng hay chủ đạo trong quá trình phân hủy chất hữu cơ, làm sạch nguồn nước sông. Theo phương thức dinh dưỡng, vi khuẩn được chia làm 2 nhóm: Vi khuẩn dị dưỡng và vi khuẩn tự dưỡng. Vi khuẩn dị dưỡng sử dụng các chất hữu cơ làm nguồn cacbon dinh dưỡng và nguồn năng lượng để hoạt động sống, xây dựng tế bào, phát triển. Có 3 loại vi khuẩn dị dưỡng: Vi khuẩn hiếu khí cần ôxy để sống, ôxy cung cấp cho quá trình ôxy hóa các chất hữu cơ; vi khuẩn kỵ khí sống và hoạt động ở điều kiện kỵ khí (không cần ôxy của không khí), sử dụng ôxy trong những hợp chất nitrat, sulphat để ôxy hóa các chất hữu cơ; vi khuẩn tùy nghi có thể sống trong điều kiện có hoặc không có ôxy tự do, năng lượng giải phóng một phần được sử dụng cho việc sinh tổng hợp hình thành tế bào mới, một phần thoát ra ở dạng nhiệt [2]. Vi khuẩn tự dưỡng có khả năng ôxy hóa chất vô cơ để thu năng lượng và sử dụng CO2 làm nguồn cacbon cho quá trình sinh tổng hợp, trong nhóm này có vi khuẩn nitrat hóa [2]. Tóm lại, quá trình phân hủy chất hữu cơ trong nước sông chủ yếu do các vi khuẩn hiếu khí. Hiện nay có các phương pháp phân loại vi sinh vật như: Phương pháp phân loại vi sinh vật truyền thống [3–4], phương pháp phân loại vi sinh vật bằng sinh học phân tử [4–6], phương pháp phân loại vi sinh vật bằng khối phổ protein MALDI–TOF [7 10]. Phương pháp MALDI–TOF được sử dụng cho nghiên cứu này do đây là phương pháp định loại vi sinh vật một cách nhanh chóng, hiệu quả và đáng tin cậy [7–10]. Trên thế giới có nhiều công trình nghiên cứu về hệ số tốc độ phân hủy chất hữu cơ của nước sông với kết quả xác định giá trị K1 trong khoảng thời gian nghiên cứu tới 20 ngày và có xem xét ảnh hưởng của các yếu tố tới giá trị K1. Tại Việt Nam, đã có một số ít công trình nghiên cứu có xác định hệ số phân hủy chất hữu cơ trong nước sông bởi nhóm vi khuẩn hiếu khí nhưng quy mô thực hiện với số lượng mẫu ít, thời gian thực hiện ngắn và đặc biệt là chưa có xác định các loài vi khuẩn hiếu khí đóng vai trò chủ đạo tham gia vào quá trình phân hủy chất hữu cơ trong nước sông [11–14].

Sông Cái là một nhánh của sông Đồng Nai, chảy qua địa bàn các xã Đại Phước, Long Tân, Phú Thạnh của huyện Nhơn Trạch, tỉnh Đồng Nai. Sông Cái có vai trò hết sức quan trọng đối với khu vực thông qua các chức năng của nó như: Vận tải (vận chuyển phù sa, giao thông thủy), bảo vệ (tiếp nhận, đồng hóa các chất ô nhiễm, thoát lũ, điều hòa vi khí hậu), sản xuất (tưới tiêu, cung cấp nước sinh hoạt) [11–14]. Vì vậy, đánh giá mức độ đa dạng của cộng đồng vi khuẩn hiếu khí và xác định các loài vi khuẩn hiếu khí đóng vai trò chủ đạo phân hủy chất hữu cơ trong nước sông Cái bằng phương pháp MALDI–TOF nhằm làm rõ bản chất của quá trình phân hủy chất hữu cơ dễ phân hủy sinh học và bổ sung vào cơ sở dữ liệu thống kê thành phần vi khuẩn hiếu khí trong nước sông, từ đó làm cơ sở khoa học để đưa ra giải pháp bảo vệ chất lượng nước sông.

Qua quá trình nghiên cứu, kết quả đã xác định 25 dòng khuẩn lạc hiếu khí ở nước sông Cái. Trong đó, có 6 loài có mật độ vi khuẩn trung bình > 9.000 CFU/ml, đó là: Achromobacter xylosoxidans, Acinetobacter radioresistens, Bacillus cerecus, Bacillus megaterium, Comamonas testosterroni, Stenotrophomonas nitritireducens. Đây là những loài vi khuẩn hiếu khí đóng vai trò chủ đạo phân hủy chất hữu cơ trong nước sông Cái. Trong số 6 loài vi khuẩn hiếu khí này có 2 loài tồn tại quanh năm là Bacillus cerecus, Bacillus megaterium. Hạn chế của kết quả nghiên cứu này là tính không đồng nhất tại từng vị trí lấy mẫu (không đồng nhất tại từng mặt cắt sông: chiều rộng và chiều sâu của dòng sông).