Chỉ thị phân tử microsatellite đã được phát triển và ứng dụng nghiên cứu di truyền quần đàn cá tra (P. hypopphthalmus). Nghiên cứu đa dạng di truyền và huyết thống làm cơ sở khoa học cho việc quản lý và nâng cao chất lượng giống. Trong nghiên cứu này, 8 chỉ thị microsatellite được dùng để đánh giá đa dạng di truyền và phân tích huyết thống trên 30 gia đình đồng huyết cá tra (mỗi gia đình có nguồn gốc từ 1 cá đực và 1 cá cái khác nhau). Mức độ đa hình của 8 microsatellite đã được tối ưu và có mức độ đa hình trên 60 cá thể bố mẹ đều cao, xuất hiện trung bình 5,9 alen ở mỗi vị trí microsatellite. Tổng số 47 alen được xác định cho 8 microsatellite trên 900 cá thể con (30 cá thể/1 gia đình), tuy nhiên chỉ có 41 alen là hiệu quả cho việc xác định huyết thống của cá tra. Đã có 94% thế hệ con được xác định đúng vào từng căp cá bố mẹ riêng rẽ, 6% số cá thể được xác định là nhiều hơn một cặp cá bố mẹ. Các microsatellite này đều đem lại hiệu quả cho nghiên cứu đa dạng di truyền và xác định huyết thống cá tra.