Nghiên cứu mô phỏng nhằm so sánh hiệu quả các mô hình sử dụng ba loại chỉ thị phân tử gồm nucleotit đa hình (SNP), haplotype (nhóm SNP liền kề trên đoạn nhiễm sắc thể NST) và block (nhóm SNP liền kề trên nhiễm sắc thể có tỉ lệ trao đổi chéo rất thấp) trong việc phát hiện gien quy định tính trạng số lượng (QTL). Phân tích ba loại số liệu, mỗi bộ gồm có trình tự SNP của NST số 29 của bò sữa Bos taurus, trên đó có 5 QTL giả định. Đối với mỗi bộ số liệu, phân tích dữ liệu về kiểu gien SNP thực tế, hệ phả thực tế của 2351 cá thể bò đực và kiểu hình mô phỏng tương ứng của chúng (được lập lại 80 lần). Trong các mô hình, khi giá trị di truyền của các alen của chỉ thị được định nghĩa là biến ngẫu nhiên thì mô hình sử dụng SNP có khả năng tìm được QTL cao hơn và tỉ lệ công nhận QTL giả thấp hơn so với mô hình sử dụng haplotype hoặc block. Khả năng tiềm được QTL giảm dần và tỉ lệ công nhận QTL tăng lên khi kích thước của haplotype hoặc block tăng lên.

Từ kết quả nghiên cứu đã đạt được, các tác giả đề nghị sử dụng SNP riêng lẻ trong lập bản đồ QTL thay vì dùng các haplotype hoặc block.