Kết quả nghiên cứu cho thấy, ở tỉnh Sóc Trăng có sự lưu hành của virus cúm gia cầm subtype H5 với tỷ lệ 1,67%, xảy ra chủ yếu là trên vịt, không phát hiện sự lưu hành của subtype N1. Ở tỉnh Cà Mau không phát hiện sự lưu hành của virus cùm gia cầm subtype H5N1. Kết quả giải mã gene từ 4 mẫu của chủng virus cúm gây bệnh trên gia cầm ở tỉnh Cà Mau và Sóc Trăng có mức độ tương đồng về nucleotide cà amino acid 92-98% trong trình tự gene H5 và trong trình tự gene N1 có tỷ lệ tương đồng tương đối cao 92-99% về thành phần nucleotide, 91-99% về amino acid với các chủng đã phân lập ở Việt Nam trước đây và 1 số nước châu Á. Các chủng virus thu nhận được có cùng nguồn gốc phát sinh với các chủng virus cúm gia cầm thuộc phân dòng Quảng Đông (Trung Quốc).