Nhiều nhóm vi sinh vật có lợi, đặc biệt là các loài thuộc giống Bacillus và Lactobacillus, có thể phân giải chất hữu cơ, tạo enzyme để ức chế vi khuẩn gây bệnh, từ đó góp phần giảm ô nhiễm và hạn chế rủi ro dịch bệnh. Trong bối cảnh dịch bệnh diễn biến phức tạp, việc lạm dụng kháng sinh làm gia tăng vi khuẩn kháng thuốc và để lại tồn dư trong ao nuôi, khiến bài toán phòng trị bệnh theo hướng bền vững trở nên cấp thiết hơn.

Thực tiễn sản xuất ghi nhận Flavorbacterium columnare là tác nhân quan trọng gây bệnh tróc da – bốc đuôi và đặc biệt nguy hiểm khi bùng phát trong ao nuôi với tỷ lệ chết có thể rất cao. Vi khuẩn thường bám và gây tổn thương trên da, mang và vây/đuôi, tạo ra các triệu chứng điển hình như trỉa rỉa, trụi đuôi, bốc mang; đồng thời gây khó khăn cho điều trị bằng kháng sinh. Mật độ mầm bệnh cao làm bệnh diễn tiến nhanh hơn, gây thiếu oxy và dẫn đến chết nhanh. Vì vậy, giải pháp sử dụng chế phẩm vi sinh vừa giúp cải thiện chất lượng nước, vừa đối kháng trực tiếp với tác nhân gây bệnh được xem là hướng đi phù hợp để phòng bệnh chủ động trong nuôi thủy sản.

Nghiên cứu được thực hiện nhằm phân lập và sàng lọc các chủng vi khuẩn có lợi có khả năng xử lý môi trường nước và kháng khuẩn F. columnare trên một số loài cá nước ngọt. Từ 15 mẫu bùn ao nuôi tôm, cá nước ngọt và hồ tự nhiên, nhóm thu được 11 chủng Bacillus sp. và 8 chủng Lactobacillus sp. Kết quả khảo sát khả năng phân giải cho thấy 4/19 chủng có hoạt tính cao (Bacillus phân giải protein, cellulose và tinh bột; Lactobacillus có khả năng phân giải CaCO₃). Định danh 4 chủng thông qua giải trình tự gene 16S rRNA xác định gồm Bacillus subtilis (2 chủng), Bacillus amyloliquefaciens (1 chủng) và Lactobacillus plantarum (1 chủng). Thử nghiệm đối kháng với 6 chủng F. columnare phân lập từ cá nước ngọt cho thấy đường kính vòng vô khuẩn lần lượt đạt khoảng 9,9–11,5 mm (B. subtilis), 13,1–14,9 mm (B. amyloliquefaciens) và 24,8–28,4 mm (L. plantarum). Như vậy, 4 chủng vi sinh được tuyển chọn có tiềm năng ứng dụng để phát triển chế phẩm xử lý môi trường và phòng bệnh do F. columnare gây ra trên cá nước ngọt.