Mặc dù có tiềm năng lớn về chuỗi sản phẩm cũng như nhu cầu thị trường nhưng sản xuất chanh leo còn bị hạn chế bởi tính mẫn cảm với nhiều loại bệnh hại, đặc biệt do virus và vi khuẩn gây ra. Cũng giống như các loại cây trồng khác, việc phát triển các giống chanh leo mang gen quy định tính kháng bệnh hại được xem là giải pháp căn cơ nhất để phát triển sản xuất bền vững. Tuy nhiên, nền tảng di truyền về gen kháng bệnh và các chỉ thị đặc hiệu gen kháng ở chanh leo hiện vẫn còn hạn chế.

Thành tựu của công nghệ giải trình tự gen đã tạo nguồn dữ liệu phong phú và giá trị cho các phân tích tin sinh học nhằm phát triển chỉ thị phân tử phục vụ nghiên cứu di truyền và chọn tạo giống ở các loài cây trồng, trong đó có cây chanh leo (Passiflora edulis Sims). Trong nghiên cứu này, dựa trên dữ liệu trình tự họ gen kháng NBS-LRR đã được xác định từ hệ gen chanh leo, phân tích in-silico lựa chọn và thiết kế chỉ thị SSR đặc hiệu cho các locus microsatellite tiềm năng cũng như phân tích thực nghiệm kiểm chứng tính đa hình của các chỉ thị SSR đã được triển khai. Tổng số 497 locus microsatellite đã được xác định từ trình tự 161 gen NBS-LRR, từ đó 383 chỉ thị SSR đặc hiệu họ gen NBSLRR được thiết kế cho chanh leo. Qua sàng lọc thực nghiệm 46 chỉ thị SSR đặc hiệu cho 35 gen NBS-LRR tiềm năng có biểu hiện gen liên quan đến các stress sinh học và phi sinh học đã xác định được 25 chỉ thị tạo băng alen ổn định và đa hình giữa các mẫu giống chanh leo khi phân tích PCR-PAGE. Các chỉ thị SSR đặc hiệu gen kháng NBS-LRR mới này là công cụ bổ sung cho các nghiên cứu đánh giá nguồn gen, lập bản đồ di truyền và chọn tạo giống chanh leo kháng bệnh bằng chỉ thị phân tử.