Hiện tượng bồi lấp và xói lở tại nhiều vùng cửa sông, ven biển và các khu vực cảng khá nghiêm trọng, làm thay đổi các hệ sinh thái ven biển. Cạnh đó, việc sử dụng lưới kéo đáy, sử dụng mìn đánh bắt hải sản phá vỡ rạn san hô, khiến cho nhiều loài sinh vật không có nơi cư trú, từ đó làm giảm sút đa dạng sinh học hệ sinh thái rạn san hô.

Điển hình như tại Quảng Ngãi, qua khảo sát của các nhà khoa học, vùng biển này có trên 160 loài cá, tôm, nhuyễn thể sinh sống, trữ lượng thuỷ sản khoảng 68.000 tấn. Tuy nhiên, hiện đa dạng sinh học vùng cửa biển chỉ còn ở mức trung bình và đang có chiều hướng giảm dần.

Theo Sở NN&PTNT tỉnh Bình Định, môi trường và đa dạng sinh học vùng ven biển của địa phương đang suy giảm nghiêm trọng. Hệ sinh thái san hô, thảm cỏ biển và nguồn lợi thủy sản dần mất đi do thác thủy sản mang tính tận diệt bằng chất nổ, chất độc hoặc lưới kéo.

Tại xã Nhơn Hải (TP. Quy Nhơn) 7ha mặt nước, bên dưới có rạn san hô rất đẹp nằm quanh Hòn Khô lớn được bảo tồn nguyên vẹn, nhưng từ khi tỉnh Bình Định giao cho một doanh nghiệp làm du lịch thì rạn san hô này bị tàn phá nghiêm trọng, do doanh nghiệp không có kiến thức bảo tồn.

Theo Chi cục trưởng Chi cục Biển & Hải đảo tỉnh Quảng Nam, trước nguy cơ suy giảm đa dạng sinh học, địa phương đang thực hiện đồng loạt các giải pháp như tăng cường giám sát đánh bắt gần bờ, tăng cường công tác thanh tra, kiểm tra về bảo vệ môi trường đối với các hoạt động có nguy cơ và đang gây ô nhiễm nghiêm trọng môi trường biển.

Riêng Khu bảo tồn biển Cù Lao Chàm đã chọn khu vực Bãi Bấc, đảo Hòn Lao và các đảo Hòn Dài, Hòn Lá… với 30% diện tích là phân vùng nghiêm ngặt biển để thiết lập, quản lý, bảo vệ khu vực sinh sản và sinh cư của rùa biển.

Tỉnh Quảng Ngãi cũng đã thành lập Khu bảo tồn biển Lý Sơn với tổng diện tích 7.925 ha, trong đó diện tích mặt nước biển là 7.113 ha, nhằm duy trì, bảo vệ tài nguyên biển, đa dạng sinh học và cải thiện sinh kế cho người dân.