Việc xác định loài của nấm Colletotrichum gây bệnh thán thư trên xoài dựa trên đặc điểm hình thái học có thể không chính xác (Sutton, 1992). Do đó, các phương pháp sinh học phân tử thường được dùng để định danh loài Colletotrichum. Kỹ thuật sinh học phân tử dùng để định danh Colletotrichum thường phân tích trình tự internal transcribed spacer (ITS) và gene β-tubulin. Vùng ITS được sử dụng như là một dấu phân tử bởi vì vùng này có liên quan đến nhiều biến đổi trong phân tử và dễ dàng khuếch đại trong kĩ thuật PCR (Nilsson et al., 2012). Vùng ITS bao gồm vùng ITS1, 5.8S và vùng ITS2 của rDNA. Trình tự vùng 5.8S là trình tự được bảo tồn cao trong khi trình tự vùng ITS1 và ITS2 thì có tính biến đổi và đa hình cao phụ thuộc vào loài nấm (Nilsson et al., 2008. Vùng ITS được sử dụng phổ biến trong nghiên cứu phát sinh loài và hệ thống phân loại học (Schoch et al., 2012). “Kết quả bước đầu xây dựng cây phát sinh loài nấm Colletotrichum spp. gây bệnh thán thư trên thanh long tại các tỉnh phía Nam” đã được thực hiện nhằm tìm ra giản đồ phát sinh loài nấm gây bệnh thán thư trên thanh long.

Nghiên cứu thực hiện trên các dòng nấm Colletotrichum spp. được Viện Cây ăn quả miền Nam nghiên cứu và tồn trữ. ITS1 F: TCCGTAGGTGAACCTGCGG (Kumar et al., 2005; Martin et al., 2004).ITS4 R: TCCTCCGCTTATTGATATGC (Kumar et al., 2005; Martin et al., 2004).

Qua nghiên cứu, nhóm tác giả nhận thấy trong các dòng nấm gây bệnh thán thư trên thanh long tại các tỉnh phía Nam có 84,09% thuộc loài Colletotrichum gloeosporioides; 13,63% thuộc loài Colletotrichum capsici và 2,27% thuộc loài Colletotrichum truncatum. Từ đó, các tác giả đã xây dựng dược giản đồ phát sinh loài của 44 dòng nấm Colletotrichum spp. gây bệnh thán thư trên thanh long. Giản đồ chia thành 3 nhóm (nhánh lớn) và có hệ số bootstrap cao (98% - 99%). Bên cạnh đó, nhóm tác giả cũng đề nghị tiếp tục thu thập thêm các dòng nấm gây bệnh thán thư tại Long An và Bình Thuận để xây dựng giản đồ phát dinh loài được hoàn thiện.