Hiện tượng thiếu lân (P) do khả năng cố định P của đất, bởi sắt, nhôm trong đất phèn, đất acid với biểu hiện chung là hàm lượng P dễ tiêu và P tổng số quá thấp trong đất. Trong cây lúa dạng hình cải tiến, năng suất cao, sự thiếu P thể hiện các yếu tố hạn chế rất nghiêm trọng cho sự tăng trưởng, đặc biệt trong vụ hè thu. Hiện tượng phổ biến là giảm khả năng đẻ nhánh, kéo dài thời gian tăng tưởng và năng suất thấp.
Mục tiêu của nghiên cứu nhằm chọn tạo được giống lúa cao sản có khả năng chống chịu tốt với điều kiện thiếu P trên đất phèn trồng lúa bằng sự kết hợp giữa chỉ thị phân tử SSR và phương pháp chọn giống truyền thống.

Kết quả nghiên cứu cho thấy, giống AS996 là nguồn cho gen chống chịu thiếu P được ghi nhận. Quần thể F2 và RIL7  của cặp lai OM2395/AS996, OM2717/AS996 được phân tích QTL với 126 chỉ thị SSR đa hình. Tính trạng có liên quan đến hiện tượng chống chịu thiếu P là khả năng đẻ nhánh tương đối (RTA), khối lượng khô tương đối của thân (RSDW), khối lượng khô tương đối của rễ (RRDW), chiều dài tương đối của thân (RSL), chiều dài tương đối của rễ (RRL). Có 5 nhiễm sắc thể (NST) cần được ghi nhận có sự hiện diện của những QTL giả định, đó là NST số 1, 2, 5, 9 và 12, trong đó NST 12 quan trọng nhất với loci mục tiêu có gen Pup-1 (P-uptake số 1) hoặc PSTol.