Bệnh thường xuất hiện từ 15 - 35 ngày sau khi sạ. Đầu tiên, ở bẹ lá lúa, phần sát gốc có vết thối màu nâu sậm, dạng như thấm nước. Sau đó, cả bẹ lá bị thối nhũn. Lá lúa ở bẹ mắc bệnh, ngả màu vàng, rồi cháy khô và gục xuống. Bẹ lá bệnh có thể bị đứt dễ dàng và có mùi thối. Bệnh lan dần cho cả bụi lúa, làm cho tất cả bẹ đều thối. Cả gốc lúa và rễ lúa bệnh đều bị thối, ngả màu nâu đen. Bệnh làm cả bụi lúa bị chết khô. Bệnh nặng làm cả ruộng lúa bị cháy rụi. Bệnh thối gốc cũng thường kết hợp với bệnh đạo ôn làm bụi lúa chết nhanh chóng, khó phát hiện, dẫn đến sử dụng nhiều loại thuốc hóa học phòng trừ bệnh, song ruộng lúa vẫn không khỏi bệnh.

Để khắc phục việc lạm dụng thuốc hóa học, nghiên cứu áp dụng các tác nhân sinh học như xạ khuẩn, vi khuẩn vùng rễ, dịch trích thực vật và gần đây nhất là thực khuẩn thể (bacteriophage) trong phòng trị bệnh là rất cần thiết.

Thực khuẩn thể (TKT) là vi rút có khả năng ký sinh và giết chết tế bào vi khuẩn trong thời gian ngắn. Ở nước ta, một số nghiên cứu áp dụng TKT trong phòng trị bệnh cháy bìa lá lúa đã được ghi nhận. Tuy nhiên, chưa có nhiều nghiên cứu về TKT trong phòng trị bệnh thối gốc lúa, vì vậy nghiên cứu được các nhà khoa học thuộc Khoa Nông nghiệp và Sinh học Ứng dụng, Trường Đại học Cần Thơ thực hiện nhằm tìm ra dòng TKT có hiệu quả phòng trị bệnh trong điều kiện phòng thí nghiệm và nhà lưới.

Có 35 dòng TKT và 14 chủng vi khuẩn Erwinia chrysanthemi được phân lập trên 59 mẫu bệnh thối gốc lúa, phân bố ở 4 tỉnh Vĩnh Long, Cần Thơ, Kiên Giang và Sóc Trăng. Việc đánh giá khả năng ký sinh của các dòng TKT cho thấy 8 dòng thực khuẩn thể ΦEchST19a, ΦEchCT12, ΦEchKG3b, ΦEchKG5a, ΦEchKG8b, ΦEchKG11b, ΦEchST19b và ΦEchST22 có khả năng ký sinh nhiều chủng vi khuẩn, và 7 chủng vi khuẩn E. chrysanthemi EchCT5, EchCT12, EchST20, EchKG4, EchKG5, EchKG7, EchKG8 mẫn cảm với tất cả các dòng TKT được phân lập, trong đó chủng EchCT12 là chủng có khả năng gây hại cao hơn các chủng còn lại khi thực hiện lây bệnh nhân tạo trong điều kiện nhà lưới. Khảo sát khả năng thực khuẩn của 8 dòng TKT trên chủng vi khuẩn EchCT12 cho thấy, dòng TKT ΦEchKG8b cho đường kính phân giải vi khuẩn cao nhất. Trong thí nghiệm đánh giá 4 nồng độ thực khuẩn thể áp dụng (105; 106; 107 và 108 pfu/ml) trong phòng trị bệnh thối gốc lúa ở điều kiện nhà lưới thì các nồng độ 106; 107 và 108 pfu/ml thể hiện hiệu quả giảm bệnh, trong
đó nồng độ 108 pfu/ml cho hiệu quả cao nhất.