Chỉ thị SNP được ứng dụng rộng rãi bởi những ưu điểm như độ linh hoạt, tốc độ hay giá thành. Tuy nhiên, việc ứng dụng xác định nhanh kiểu SNP bằng SNP chip cho việc nhận dạng cũng như đánh giá da đạng di truyền lúa còn rất hạn chế. Với mục tiêu tiến hành nghiên cứu và đánh giá các nguồn gien lúa địa phương, tiếp cận với công nghệ tiên tiến, các nhà khoa học thuộc Trung tâm Tài nguyên Thực vật và Bộ NN & PTNN đã tiến hành thực hiện nghiên cứu này.

Nghiên cứu đã tiến hành xây dựng tiêu bản ADN (DNA Fingerprinting) của 26 nguồn gien lúa địa phương sử dụng SNP chip bao gồm 288 chỉ thị SNP lấy từ bộ  384-SNP GoldenGate (Indica x Indica) được đọc bằng hệ thống Fluidigm EP1. Kết quả phân tích cho thấy 277 trong tổng số 288 chỉ thị cho các alen đa hình, trung bình hệ số thông tin đa hình (PIC) là 0,27. Hai muoi mốt chỉ thị nằm trên 11 NST cho các alen hiếm giúp phân biệt được 9 nguồn gien lúa. Kết quả phân tích quan hệ di truyền cho thấy các giống lúa nghiên cứu có khoảng cách di truyền giữa các nguồn gien đạt từ 0,0379 đến 0,5399 và chia làm 3 nhóm chính. Tuy nghiên cứu không thu được hai phân nhóm Indica và Japonica hoàn toàn tách biệt, nhưng các giống lúa Japonica tập trung thành một nhóm và có quan hệ di truyền gần gũi hơn so với các giống lúa Indica. Trong nhóm Japonica, các giống lúa nếp nhóm thành một nhóm có quan hệ di truyền gần gũi. Cây phân loại đã cho thấy mối quan hệ gần gũi giữa các giống lúa có cùng xuất xứ địa lý (Nếp Ngoi và Nếp Đen, Khẩu mang, Séng cù hay Tám tiêu và Tám ấp bẹ), nhưng bộ tiêu bản đã cung cấp sự khác biệt về di truyền giữa các nguồn gien này. Vì vậy, bộ chỉ thị 278 SNP có thể sử dụng trong xây dựng tiêu bản ADN để nhận dạng, xác định các giống lúa địa phương của Việt Nam cũng như ứng dụng chỉ thị này trong công tác chọn tạo giống.