Thí nghiệm hệ thống thủy canh là sự kết hợp tính ưu việt của cả hệ thống thủy canh và rhizotron giúp quan sát liên tục không phá vỡ sự phát triển của hệ thống rễ. Thí nghiệm giúp đánh giá những đặc điểm linh động của rễ như tốc độ sinh trưởng hàng ngày và thời gian phát triển của mầm rễ, từ đó mang lại cái nhìn sống động về sự phát triển của rễ. Bằng cách so sánh giá trị của các đặc điểm rễ trong hai môi trường canh tác có thể bàn luận về ảnh hưởng của thủy canh lên hệ rễ và tính ổn định của các đặc điểm rễ thông qua phân tích mối quan hệ và tỷ lệ giữa các giá trị. Thủy canh làm giảm đường kính rễ, tăng tốc độ sinh trưởng rễ nhưng mật độ rễ nhánh lại có sự ổn định.

Một nghiên cứu phân tích so sánh các đặc điểm cấu trúc hệ rễ trên 31 giống thuộc 3 nhóm quan trọng (cà tím, ớt và cà chua) của họ Cà trồng thủy canh so với trồng trong đất. Những đặc điểm định lượng thu được chủ yếu từ việc đo đạc trên hình ảnh có độ phân giải cao của các bộ phận khác nhau của cây. Thủy canh đã giúp quan sát một cách chính xác các đặc điểm linh động của rễ như: tốc độ sinh trưởng hàng ngày và thời gian hình thành rễ nhánh của mầm rễ. Phân tích chỉ ra rằng: đường kính đỉnh rễ giảm, tốc độ sinh trưởng rễ tăng nhưng mật độ rễ nhánh lại ổn định trong thủy canh so với trong đất. Những kết quả nghiên cứu này chỉ ra ảnh hưởng của việc thay đổi điều kiện trồng trọt đến cấu trúc hệ rễ.