Hệ thống sông Hồng và Thái Bình là một hệ thống sông lớn và rất phức tạp thuộc vùng đồng Bắc Bộ nên việc tính toán thủy lực hệ thống đòi hỏi áp dụng những công cụ tính toán hiện đại và tài liệu phù hợp dùng trong tính toán. Quá trình tính toán được thực hiện cho các kịch bản hiện trạng - biến đổi khí hậu - nước trữ (ứng với các tần suất 50% và 85%) và nước biển dâng 15 cm (năm 2030), 30 cm (năm 2050), 50 cm (năm 2075) và 75 cm (năm 2100).

Nghiên cứu được tiến hành trên hệ thống sông Hồng, sông Thái Bình, bao gồm: sông Đá Bạch, Cấm, Lạch Tray, Văn Úc, Thái Bình (thuộc hệ thống sông Thái Bình), Trà Lý, Hồng, Ninh Cơ và Đáy (thuộc hệ thống sông Hồng). Nguồn nước đến của hệ thống sông được lấy theo tần suất 85%. Nhu cầu nước được xác định theo kịch bản biến đổi khí hậu (BĐKH) trung bình. Kiểu cống ngăn mặn được nghiên cứu trên cơ sở: (1) đóng hoàn toàn trong suốt mùa kiệt (kiểu 1) và (2) kiểu tự động (van 1 chiều Plap-gate). Chế độ thủy văn thủy lực hệ thống sông được mô phỏng dựa vào phần mềm Mike 11.

Kết quả phân tích cho thấy: Trong điều kiện hiện trạng (không có cống ngăn mặn), xâm nhập mặn rất nghiêm trọng. Khoảng cách xâm nhập mặn có thể tới vài chục km (tính từ biển). Việc lấy nước dọc các sông trên hệ thống không ảnh hưởng nhiều đến mực nước và độ mặn vùng hạ du. Các công trình ngăn mặn cần phải được xem xét xây dựng nhằm hạn chế sự xâm nhập mặn và tăng khả năng lấy nước về mùa khô của các hệ thống thủy lợi. Cống ngăn mặn kiểu 1 (đóng hoàn toàn trong mùa kiệt) có tác động tốt hơn so với kiểu 2 (cửa tự động).