Nghiên cứu và ứng dụng các kỹ thuật di truyền phân tử vào chọn giống đóng vai trò quan trọng, hỗ trợ các phương pháp chọn giống truyền thống, nâng cao hiệu quả chọn giống. Ở Việt Nam, các nghiên cứu về cá rô phi mới chỉ bước đầu đánh giá đa hình và mối quan hệ di truyền giữa các quần đàn bằng chỉ thị phân tử như microsatellite (vệ tinh nhỏ), AFLP hay RAPD.

Kết quả nghiên cứu chỉ thị phân tử liên quan đến sinh trưởng của cá rô phi sử dụng microsatellite vùng gien prolactin 1 ở hai nhóm khối lượng lớn (L) và nhỏ (X) của 100 cá thể thuộc mỗi thế hệ (G3 và G4) và 10 cặp cá thể bố mẹ và thế hệ con cho thấy chúng có tính đa hình cao, kiểu gien của bố mẹ và con liên kết chặt với nhau.

Kết quả phân tích Prl-1 trên cả hai thế hệ G3 và G4 đều cho thấy nhóm cá có khối lượng nhỏ xuất hiện số lượng alen đa hình cao hơn nhóm cá có khối lượng lớn và tần số xuất hiện alen kích thước ngắn ở nhóm khói lượng nhỏ thấp hơn nhóm khối lượng lớn. Ngược lại, tần số xuất hiện alen có kích thước dài ở nhóm khối lượng nhỏ cao hơn nhóm khối lượng lớn. Tuy nhiên, phân tích các alen trên ở 10 gia đình thuộc thế hệ G4 lại không tìm thấy mối quan hệ rõ ràng giữa kiểu gien và tốc độ tăng trưởng. Như vậy, đa hình microsatellite vùng gien khởi đầu Prl-1 và sinh trưởng của cá rô phi trong môi trường nước lợ không ổn định, chịu sự chi phối của nhiều gien. Cần có các nghiên cứu tiếp theo để làm sáng tỏ vấn đề này.