Chất lượng của hạt gạo phụ thuộc vào sự tăng trưởng của cây lúa trong giai đoạn sinh dưỡng, sự tăng trưởng của bông, chất dinh dưỡng của hạt và giai đoạn chín của hạt (Lang và ctc, 2011)> Thông thường, chất lượng hạt gạo được thể hiện qua chất lượng xay chà, cơm và dinh dưỡng trong hạt gạo. Trong đó thị hiếu của người tiêu dùng thường chú ý đến chất lượng cơm sau khi nấu. Chất lượng cơm bao gồm hàm lượng amylose, độ trở hồ, độ bền thể gel; hàm lượng dinh dưỡng bao gồm lượng protein, vitamin, khoáng vi lượng,…

Các đặc tính phẩm chất hạt do yếu tố di truyền và môi trường quyết định, tùy theo tính trạng, sự thể hiện có thể do yếu tố di truyền, yếu tố kỹ thuật trước và sau thu hoạch hay do tương tác kiểu gen với môi trường quyết định. Điều khó khăn cho phân tích là phần lớn những tính trạng phẩm chất hạt có tương tác kiểu gen với môi trường không tuyến tính, khó giải thích trong những phân tích đơn giản (Bửu và ctv, 2013). Đã có nhiều nghiên cứu dùng chỉ thị phân tử để đánh giá đa dạng nguồn gen cây lúa trước đó. Những chỉ thị phân tử SSR đã được áp dụng cho đánh giá vật liệu lai trong cây lúa, xây dựng bản đồ liên kết cho các gen hoặc loci tính cách định hướng kiểm soát các đặc điểm quan trọng và nhận dạng đặc điểm khác biệt các tần số alen. Nghiên cứu này nhằm phân tích lúa mùa có phẩm chất tốt bằng kỹ thuật Microsatellite (SSR).

Vật liệu dùng trong nghiên cứu là 122 giống lúa mùa địa phương tại ĐBSCL được trồng tại Tịnh Biên, An Giang để phân tích phẩm chất cơm. Kết quả ghi nhận có 20 giống cho hàm lượng amylose thấp dao động từ 0,23 - 2,8% như nếp Phụng Tiên (0,23%) kế đến là nếp Mường (1,2%). Cùng với đó là các giống lúa tẻ có hàm lượng amylose thấp (12%- 20%) như Tài Nguyên, Nhỏ Vàng, Nàng Hương, AG3, AG4. Có 17 giống lúa cho mùi thơm cấp 1 như Nhỏ Thơm, Nàng Thơm Thanh Trà, Rễ Hành… Có 5 giống thơm cấp 2 như Sóc Miên Trà Vinh, Nàng Thơm Chợ Đào, AG3, AG4 và Tàu Hương. Năm giống này cần khai thác phục vụ cho chương trình chọn giống lúa thơm Việt Nam. SSR markers đã được sử dụng để nghiên cứu sự khác biệt di truyền với 122 giống lúa khác nhau. Phân nhóm di truyền được áp dụng phần mềm Pobgene. Trong số 60 mồi SSR, 28 mồi được sao chép với tổng số là 1.416 băng trong đó có 194 alen là đa hình. Số lượng trung bình các mảnh gen được khuếch đại bằng marker SSR (kích thước 190 bp đến 350 bp). Primer SSR được sử dụng trong nghiên cứu, sản phẩm sản xuất PCR cho tỷ lệ biến động từ 90 đến 100%, hệ số PIC biến động từ 0,07 đến 0,88. Kết quả thu được chỉ số đa dạng Shannon I (5.585), sự đa dạng di truyền/locus – H (= 0,398) và hiệu quả allele/locus - AEP (10,41-11,23).

Các kết quả nghiên cứu này sẽ làm cơ sở di truyền để nghiên cứu trên các giống lúa khác nhau. Băng điện di được phân tích bằng phương pháp UPMGA chia thành 2 nhóm chính có mối liên quan di truyền, trong đó đặc biệt chú ý đến chương trình nhân giống hiệu quả với mục tiêu cải tiến giống. Dựa vào số lượng và tần số ghi điểm của các đoạn DNA, tỷ lệ đa hình và các thông số hiệu quả khác sau khi tổng hợp lại thì RM520, Indel 5 và RM3475 là những marker có hiệu quả và có thể được sử dụng để sàng lọc phân tử trong việc khai thác nguồn gen lúa mùa trong chọn giống lúa.