Hiện nay, đối với giống thủy sản nước ngọt, TP.HCM đã ứng dụng thành công phương pháp vi phẫu tạo con cái giả gia hóa tôm bố mẹ để sản xuất giống tôm càng xanh toàn đực. Áp dụng phương pháp chọn giống di truyền số lượng lai tổ hợp, đánh giá, chọn ra các nguồn vật liệu ban đầu cho chọn giống tôm bố mẹ sạch bệnh, kháng bệnh. Ngoài ra, thành phố cũng thực hiện sinh sản nhân tạo một số loại cá nước ngọt như giống cá lăng nha, cá trê vàng, trê lai, cá tra, cá diêu hồng... sản xuất ra các dòng cá rô phi toàn đực cung cấp cho thị trường trong nước.

Đối với giống thủy sản nước lợ, tiến hành xác định nguồn gốc định danh cá dứa Cần Giờ bằng việc phân tích DNA phục vụ cho việc xây dựng thương hiệu. Bên cạnh đó, thành phố đã xây dựng thành công quy trình sinh sản và ươm ấu trùng ngao móng tay chúa và quy trình thử nghiệm sản xuất ngao móng tay chúa giống.

PGS.TS. Dương Hoa Xô, phó chủ tịch Liên hiệp các hội khoa học và kỹ thuật TP.HCM cho biết, ở lĩnh vực cá cảnh, hiện thành phố đã sưu tập thành công 17 loài cá với hơn 34 dòng cá và 2 loài cá bản địa phục vụ công tác nghiên cứu sinh sản nhân tạo. Đồng thời, tạo được đàn cá sóc phát sáng huỳnh quang màu lục lam, màu đỏ và màu cam có tiềm năng phát triển thành cá thương phẩm. Đồng thời, lai tạo thành công một số giống cá cảnh như cá ông tiên trắng, cá ông tiên đen thế hệ con lai với nhiều kiểu hình khác nhau. Nghiên cứu ứng dụng các quy trình sản xuất giống cá bá chủ, cá thủy tinh, cá neon… giúp tái tạo nguồn lợi các loài cá cảnh biển, cá cảnh nước ngọt. Kết hợp hoàn thiện các quy trình nhân giống thủy sản, nâng cao tỷ lệ sống của cá neon đỏ, khả năng sinh sản hải mã vặn, tép ong đỏ. Đã xây dựng 2 bản quy trình công nghệ thuần dưỡng, nuôi vỗ cá bố mẹ, kích thích sinh sản nhân tạo và quy trình ươm nuôi cá giống chạch lửa.